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總結：一般納稅人提供貸款服務時可以開具增值稅專用發票，但付款人不得抵扣。所以還是開個普通發票比較好。
《關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》稅〔2016〕36號)規定，納稅人應向索取增值稅專用發票的購買方開具增值稅專用發票，并在增值稅專用發票上分別注明銷售額和銷項稅額。
有下列情形之一的，不得開具增值稅專用發票：
(一)向消費者銷售服務、無形資產或者不動產。
(二)免征增值稅規定的應稅行為。
因此，提供貸款服務的納稅人不屬于上述兩種情形的，可以開具增值稅專用發票。但根據文件規定，納稅人購買貸款服務取得的進項稅額，不得從銷項稅額中扣除；納稅人接受貸款服務向貸款人支付的與貸款直接相關的投融資咨詢費、手續費、咨詢費等費用，不得在銷項稅額中抵扣。做購銷貿易，開銷售發票要客戶的錢(成本墊付服務費)，毛利就是墊付服務費。
財稅(2016)36號附件1 《銷售服務、無形資產、不動產注釋》規定：
各種占用和借入資金的收入，包括利息收入(含保本收入、報酬、資金占用費、補償金等。)持有貨物期間，信用卡透支利息收入、買入返售貨物利息收入、融資融券利息收入、融資回租、票據議付、罰息、票據貼現、拆借等業務取得的利息和利息收入，按貸款業務征收增值稅。
所以供應鏈管理公司為客戶墊付資金，收取服務費。所謂“服務費”是一種利息收入，本質上是提供貸款服務，所以應該按照貸款服務繳納增值稅，按照貸款服務開具發票。由于貸款利息不能從進項稅額中扣除，服務費可以開具發票。
供應鏈管理公司應當將預付款業務取得的債權按照是否具有追索權劃分為不同類型的資產；收取的服務費(利息)確認為收入。
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