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負輸出發票不需要扣除。
第一種情況，賣方開具的銷售發票被買方退回或未交付給買方的，由賣方本人向主管稅務機關申請，審批后開具的紅字專用發票不涉及抵扣，直接抵扣當期銷售收入和銷項稅額。
在第二種情況下，買方向主管稅務機關提出開具紅字專用發票的申請，經審批后，他將收到《開具紅字增值稅專用發票通知單》。此時，買方必須按照《通知單》列明的增值稅金額臨時轉出當期進項稅額(如果原始發票未認證，則不需要轉出進項稅額。)，從賣方收到的紅字發票連同留存的《通知單》作為憑證。所以已經轉出的不需要認證扣費，沒有轉出的不需要認證扣費。
個人觀點，僅供參考。