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疫情期間醫保退費會計分錄如下：
1、收到醫保退費：
借：銀行存款
貸：應付職工薪酬——醫療保險費
2、沖減以前計提的醫保費：
借：應付職工薪酬——醫療保險費
貸：管理費用
企業收到醫保退費時，一般情況下是直接沖減以前企業計提和繳納的醫保費用，或者計入企業營業外收入，但計入營業外收入會涉及到企業所得稅，若是企業考慮節稅方面，則將收到醫保退費時直接沖減相應的分錄。
疫情期間，中小微企業和單位形式參保的個體工商戶企業養老保險、失業保險和工傷保險，其單位繳費部分免征；而大型企業及其他單位的養老保險、失業保險和工傷保險，其單位繳費部分減半征收。