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專項應付款屬于“非流動負債”科目，借款方向是指支付各種應付款和暫收款；貸項表示特殊應付款或特殊臨時收款的發生。貸方余額實際上是專項應付款。
專項應付款是指企業接受國家分配的專項用途資金而形成的不需要用資產或其他負債償還的負債，如新產品試制費、中間試驗費、重要科研補助等。因為專項應付款是不需要用資產或其他負債償還的負債，后期核銷時可以直接抵銷。不需要上繳原撥款部門的資金，應當轉為企業資本公積。
專用應付款科目核算企業取得政府作為企業所有者投入的具有特殊或特定用途的資金，該科目可按資金投入項目進行明細核算。
專項應付款的會計分錄主要涉及專項應付款的日常核算和拆遷補償的核算，具體如下：
特殊應付賬款的日常核算
1、實際收到的專項資金：
借方：銀行存款
貸：專項應付款——某某項目。
2.資金使用時：
借：在建工程。
貸：庫存現金/銀行存款/應付賬款
3、項目建成后，形成的資產：
借：固定資產/無形資產
貸款：在建工程——。
同時：
借：專項應付款—— XXX項目。
貸：——資本公積轉增。
4.對于未形成待核銷資產的部分，經批準后：
借：專項應付款—— XXX項目。
貸款：管理費
5、項目完成后，如有結余資金需上交：
借：專項應付款—— XXX項目。
貸款：銀行存款
搬遷補償的會計處理
1.收到的付款：
借方：銀行存款
貸款：專項應付款
2.對于補償搬遷過程中發生的費用，根據搬遷過程中發生的相關費用金額：
借：特別應付款
貸款：遞延收入
3.由于政府補助與收入相關，故計入營業外收入：
借：遞延收入。
貸款：營業外收入
3.企業完成拆遷后，扣除轉入遞延收益的金額后有盈余的，作為資本公積處理：
借：特別應付款
貸款：資本公積